Les maîtres organisaient leurs leçons de deux façons : les commentaires (on étudiait phrase après phrase l’ouvrage dont l’examen servait de base à l’enseignement) et les discussions – appelées « questions » – (on confrontait alors les thèses contraires sur le même sujet, après les avoir mises en forme, c’est-à-dire en syllogismes).

Dans les Facultés des Arts, les commentaires portaient essentiellement sur des textes classiques, tels la Grammaire de Priscien de Césarée (aujourd’hui Cherchell, en Algérie, qui vivait des environs de 480 à ceux de 530) ; on étudiait également l’Organon d’Aristote (384 av. J.-C. – 322 av. J.-C.), traité de logique qui examine la façon de mener une réflexion juste, les ouvrages de Porphyre (né à Tyr vers 235 et mort vers 280), philosophe néo-platonicien et ceux de Boèce (480-524), philosophe romain dont le traité principal, intitulé La Consolation de Philosophie, rédigé vers 524, eut une influence considérable durant tout le Moyen Âge. En théologie, les Sentences de Pierre Lombard (1096-1160), théologien scolastique et évêque italien, constituaient la base des études dans les Facultés spécialisées.

L’enseignement faisait appel essentiellement à la mémoire des maîtres, inépuisable, qui fournissait des références à d’autres textes similaires ou concernant le même sujet, ce qui autorisait de féconds rapprochements. La culture était presque exclusivement grammaticale et juridique, mais avec une certaine profondeur. Elle reposait sur la récitation inlassable d’un petit nombre d’ouvrages, sus par cœur, souvent éclairés par des commentateurs. Bien entendu, les références théologiques étaient sans cesse présentes.

Pour leur part, les discussions étaient l’occasion de dresser des catalogues d’opinions les plus diverses sur tel ou tel thème. Chaque énoncé était immédiatement suivi de nombreuses et copieuses citations d’auteurs « qui faisaient références ». Cependant, quelques maîtres, particulièrement intelligents, étaient capables de faire preuve de sagacité, de compréhension et même de création d’idées nouvelles, en constituant des synthèses originales. Ainsi Saint Thomas d’Aquin (1225-1274), dominicain théologien et philosophe, ou Saint Bonaventure (1217-1274) et son « Itinéraire de l’esprit vers Dieu », écrit en 1259, ou encore Jean Duns Scot (1266-1308), théologien et philosophe écossais, renommé pour sa théorie de la connaissance. Les progrès de l’étude de la nature par l’expérimentation, une meilleure connaissance de l’homme furent de grands héritages de la pensée et de la critique médiévale.