Au début du XIIe siècle, une forme nouvelle d’enseignement apparut, puis se développa très vite : les universités. Étudiants et maîtres ressentirent le besoin de se réunir en corporations d’intérêts communs (universitas en latin), pour mieux gérer les aspects matériels et intellectuels de leur instruction.
Les jeunes gens désireux de se faire une situation par leurs études fréquentaient ces universités. Fils de familles aisés (les études coûtaient fort cher), nobles ou bourgeois, menaient une vie de liberté, pas toujours sérieuse. En cas de problèmes, les Universités défendaient leurs ouailles devant les juridictions séculières et jouissaient farouchement de leurs privilèges.
Les étudiants vivaient en chambres louées à des particuliers avant d’être regroupés en « collèges » (dont celui ouvert par Robert de Sorbon, en 1210 à Paris), sortes de foyers. Les cours avaient lieu dans des locaux divers, loués par les professeurs. Assis sur une chaire, devant un pupitre, le maître dispensait ses cours aux étudiants à ses pieds, sur la paille, attentifs et munis de papier et de plumes, pour prendre des notes. Les leçons étaient lues, répétées par des répétiteurs. On pratiquait la dispute (pour et contre une thèse), qui développait la mémoire et la souplesse d’esprit et la manie d’ergoter.
La première université fut créée en Italie, à Bologne, en 1102. Celle de Salerne ouvrit en 1173, puis celle de Reggio en 1188. En 1150, une université fut créée à Paris. En Angleterre, le roi Henri II Plantegenêt (1154-1189) ouvrit une université à Oxford, en 1167. Celle de Cambridge suivit en 1229. Au XIIIe siècle, elles se multiplièrent, dans tous les pays : Palencia, en Espagne (1212), Arezzo (1215), Padoue (1222), Naples (1224), Salamanque (1227), Angers (1229), Sienne (1246), Montpellier (1289), etc.
Les universités étaient renommées chacune pour leurs spécialités :
- Paris, pour la théologie, le droit canon, la médecine et l’astronomie,
- Orélans, pour le droit romain,
- Padoue, pour la médecine,
- Salerne, pour la médecine,
- Montpellier, pour la médecine,
- Bologne, pour la médecine, le droit canon et le droit romain,
- Oxford, pour les mathématiques, l’astronomie et les sciences physiques,
- Cologne, pour le droit romain,
- Prague, pour la médecine et les sciences, comme Tolède.