Le premier pape intéressé par la conservation et la gestion des archives de l’Église fut Innocent III (1198-1216) qui, dès son accession au trône pontifical, en 1198, ordonna de rassembler les registres de la chancellerie et la correspondance en un seul bâtiment.

En 1448, le pape Nicolas V (1447-1459) créa la Bibliothèque apostolique vaticane, qui réunissait les archives et les livres que ce pape instruit et amateur éclairé de beaux volumes aimait rassembler. Les Archives secrètes du Vatican furent officiellement créées le 31 janvier 1612 par le pape Paul V (1605-1621).

Le terme « secret », dérivé du latin, veut dire « privé » et non « caché », mais le sens a très vite été déformé par les personnes hostiles à l’Église. Cette création marqua la séparation en deux entités distinctes, les Archives et la Bibliothèque. Chaque institution était placée sous l’autorité d’un cardinal responsable.

Parmi les plus riches et les plus anciennes du monde, les Archives de l’Église catholique sont conservées dans une aile du Palais du Vatican, depuis la création des États pontificaux, en 1870. De nos jours, elles représentent près de deux millions de documents couvrant 2000 ans d’histoire, rangés sur 85 kilomètres de rayonnages.

Auparavant réservées à l’usage exclusif des ecclésiastiques pour la gestion et l’administration de l’Église, elles ont été ouvertes au public (des universitaires uniquement, à l’origine) par le pape Léon XIII (1878-1903) en 1881.

Le même pape Léon XIII, qui s’intéressait à l’Histoire de l’Église, créa, le 1ᵉʳ mai 1884, l’École vaticane de paléographie, diplomatique et archivistique. Cette institution, le seul établissement d’enseignement qui soit situé à l’intérieur de la Cité du Vatican, forme les clercs intéressés à la lecture, la compréhension et à l’interprétation des documents anciens contenus dans les séries d’archives.

Chaque pape est souverain pour accorder (ou refuser) l’autorisation de consulter les documents. Les derniers souverains pontifes ont largement ouvert les Archives vaticanes à un public d’historiens les plus divers, mais l’accès à de nombreux documents sensibles reste toutefois encore soumis à l’approbation pontificale.

Les demandes d’autorisation de consultation sont à adresser au Cardinal responsable des Archives du Saint-Siège.