La profession pourrait remonter à 2.000 avant Jésus-Christ, chez les Sumériens : des tablettes d’argile, écrites en cunéiforme, mentionnent des symptômes, des traitements et des conseils médicaux. Les Égyptiens connaissaient environ 700 plantes médicinales et produits médicaux.

En latin, le mot apothecarius désignait un boutiquier et, au Moyen Âge, la boutique de l’apothicaire était un gage de sérieux, qui le distinguait du charlatan. Au Moyen Âge, les soins des malades étaient confiés aux religieux : ils étaient donnés dans les Hôtel-Dieu, qui possédaient une salle d’hospitalisation, un jardin botanique et un apothicaire. La profession s’organisa et se réglementa au cours du XIII^e siècle. Un édit de l’empereur Frédéric II de Hohenstaufen (1215-1250), donné à Salerne en 1241, imposa un serment à tous ceux qui fabriquaient des médicaments. Le prix des remèdes était fixé et imposé à tous.

Des statuts corporatifs furent rédigés à Montpellier à la fin du XII^e siècle, puis à Avignon (1242), Paris (1271) et Toulouse (1309). En 1484, une ordonnance du roi Charles VIII (1483-1499) distingua le métier d’épicier de celui d’apothicaire, qui préparait des remèdes. De nombreux conflits de compétence eurent lieu entre diverses professions concurrentes, notamment les chirurgiens-barbiers. Mais le roi imposa le monopole de la vente des remèdes aux apothicaires, qui purent vendre des produits rares et chers (tels les onguents) et reçurent le monopole de la vente du tabac en poudre.

Le plus illustre des apothicaires, Antoine Parmentier (1737-1813), apothicaire des Armées en poste aux Invalides, étudia les vertus nutritives de la pomme de terre et réussit, avec l’appui de Louis XVI (1774-1792), à faire admettre la consommation, puis la culture généralisée de ce tubercule importé d’Amérique à l’origine, dont la production était aisée, même sur des sols pauvres.

Au XVIII^e siècle, les apothicaires, distincts des herboristes qui commercialisaient les plantes médicinales, préparaient des produits aux vertus thérapeutiques reconnues. Ils furent progressivement supplantés par les pharmaciens au cours du XIX^e siècle.

En 1803, le Premier Consul Napoléon Bonaparte créa trois écoles de pharmacie, à Paris, à Montpellier et à Strasbourg. Chacune devait enseigner quatre matières : la botanique, l’histoire des médicaments, la pharmacie et la chimie.