Vers l’An Mille, les Européens commencèrent à préférer la lente régularité d’un bateau pour parcourir de longues distances sur les voies d’eau navigables. Certaines rivières de France (comme la Marne ou le Tarn ou encore le Lot et la Dordogne) étaient naviguées fort loin en amont. Les fleuves du Nord de l’Europe (le Rhin, l’Escaut, la Meuse, la Tamise, mais aussi l’Elbe ou la Weser) étaient utilisées par des bateliers en grand nombre pour transporter des charges lourdes. Il en est de même pour le Pô, le Rhône, la Garonne et les fleuves espagnols.

Dès le XII^e siècle, des canaux et des rivières canalisées sont attestées dans la région des Flandres. Bruges est reliée à la mer du Nord. Des navires de diverses tailles sillonnaient les rivières navigables et les canaux, dont le réseau se densifia au cours du XIII^e siècle.

De nombreuses transactions commerciales  se déroulaient dans les ports essaimés le long de ces cours d’eau, bien plus utilisés que de nos jours. Plusieurs villes portuaires durent leur prospérité à leur situation sur une voie d’eau très fréquentée et le commerce fluvial se développa rapidement à partir du XII^e siècle. Les « marchands de l’eau » (entrepreneurs de transports fluviaux) représentaient partout un métier considéré comme un des plus importants. La corporation des Nautes, à Paris, était si puissante que les armoiries de la ville comportent une nef comme meuble principal.

De nombreux obstacles paralysaient cependant cette navigation : le relief, parfois le manque d’eau à l’étiage, ou bien des crues soudaines lors de la fonte des neiges, des ponts souvent étroits, de nombreux péages de toutes sortes perçus par des seigneurs locaux avides de gain facile et régulier. En 1415, un édit royal (sous l’administration du roi Charles VI) imposa un chemin de halage le long des canaux pour le passage des animaux de trait tirant les bateaux.

Peu de quais étaient aménagés et les voies d’eau étaient souvent entrecoupées de gués, de bacs, de passerelles de bois (les ponts de pierre étaient rares avant le XVI^e siècle), tout ceci ralentissant le voyage. Toute une série d’inventions italiennes allaient modifier sensiblement les conditions de navigation lors de leur introduction en France vers la fin du XVI^e siècle : les écluses, les digues, les canaux profonds, les ouvrages pour corriger le lit des rivières. Les coches d’eau virent alors leur clientèle augmenter, avant leur déclin avec la concurrence des coches terrestres, développés par Richelieu dans les années 1630.