Pendant tout le Haut Moyen Âge, seuls les moines faisaient fonction de médecins. Avec les invasions barbares, la médecine romaine (celle de Gallien était déjà relativement performante) fut oubliée. Les principaux « remèdes » en usage alors consistaient en la prière, l’astrologie, la magie et le mysticisme. Un seul monastère, celui de Vivarium, en Italie, semble avoir conservé quelques notions de la médecine de Gallien et d’Hippocrate.

Au XII^e siècle, se produisit un profond changement : des écoles de médecine s’ouvrirent, à la suite de traductions d’ouvrages grecs, latins et même arabes. L’école de Salerne traduisit le Liber Pantegni d’Haly Abbas (930-994), qui servit de référence à tous les enseignements de médecine pendant trois siècles, l’école de Chartres (avec Guillaume de Conches) et surtout l’école de Tolède, où l’on traduisit de nombreux ouvrages antiques en ajoutant ceux d’Avicenne (980-1037), la Chirurgie d’Abucassis (940-1013) et le Colliget d’Averroès (1126-1198). Les universités naissantes ouvrirent vite des enseignements de médecine (Salerne, dès 1180, Paris en 1200, Oxford en 1220 ou Montpellier en 1222).

Mais il s’agissait d’une médecine scolastique, où l’Église exerçait un contrôle sévère. Les monastères conservaient le quasi-monopole des soins à la population. Chaque établissement possédait une infirmerie où l’on disposait de tout le nécessaire, ce qui permettait de soigner également des patients laïques. Dans les jardins conventuels, les moines cultivaient des plantes médicinales, très utilisées pour les soins. Des traités de phytothérapie furent même rédigés, tels le Livre Rouge d’Hergest, vers 1400, qui supplanta le Liber Pantegni.

Il existait, à côté des médecins, des guérisseurs populaires et des rebouteux et, souvent, le peuple s’adressait aux saints pour obtenir des guérisons miraculeuses. Cependant, les médecins universitaires s’organisèrent et fondèrent des corporations : en 1293, on trouve une Guilde des médecins à Florence.

Une hiérarchie fut créée, à partir du XIII^e siècle : en haut, les maîtres médecins (ou fisiciens = physiciens), puis les médecins licenciés, ensuite les chirurgiens licenciés, tous lettrés en latin. En-dessous les barbiers-chirurgiens, les apothicaires et les épiciers. Certains soignants étaient parfois analphabètes.

Les médecins juifs, tels Abraham Ibn Resza Judas Halevi (1075-1141) étaient souvent appelés en raison de leurs compétences.